学期の途中から使い始めたのですが、すでに実施した時数はどうしたらよいでしょうか？

ダッシュボードの時数調整ボタン > 実施済み時数設定をクリックしてください。表示された画面で教科ごとの実施済み時数を入力し、「保存する」ボタンを押してください。
入力された時数は、実績として扱われて、時数表などに反映されます。