エコドラフト with クラウドサインを利用登録すると、クラウドサインのみでも使えるのでしょうか?

使えます。
当サービスのご利用登録を行った場合、エコドラフトとクラウドサインそれぞれのアカウントが発行されます。勿論、クラウドサインのみでご利用いただくことも可能になり、委託契約以外の電子契約にもお使いいただけます。ただし、エコドラフトのみでご利用いただくことはできません。