弊社は事業部長名の印鑑を用いて捺印しています。 IMAoSではどのように、誰の名前で電子証明書を発行すればよいですか。

IMAoSの電子証明書は企業もしくは事業所単位で発行し、電子証明書に個人名は表示されません。IMAoS上で電子署名の処理を行うご担当者の方をIMAoSのユーザーとして登録し、そのユーザーの方が事業部の名称や住所で電子証明書を申請してください。
操作手順は初期設定ガイドも併せてご参照下さい。