Nebulaで、『サイト全体 ≫ コンフィグ ≫ アクセスポイント ≫ APとポート設定』の設定でポート設定があり、ここでVLANの設定が出来るようになっていますが、VLAN設定する場合、ここも設定する必要がありますか？

ここで設定するLAN1～3は、本体にLAN1、2、3があるAPのみで設定が有効です。
ちなみに、NWA110AX/WAX510Dは、ポートが1つしかなく、そのポートも「Uplink」のため、本設定は有効ではありません。（機能しません。）
https://community.zyxel.com/en/discussion/19502/how-to-configure-vlan-for-nebula-ap-lan-port

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