アプリ版は特定表と指定表に直接入力するのではなく、別画面で関連のある情報を入力すると特定表と指定表が自動的に作成されます。また、全ての事業所（未指定工場の営業所などは集約が可能）ごとにエネルギー使用量を入力すると、事業者全体のエネルギー使用量やCO2排出量が自動的に計算されます。また、特定表と指定表の各表に自動エラーチェック機能があります。
一方、エクセル版は特定表と指定表のファイルが分かれており、特定表と指定表に直接入力します。特定表は全ての事業所のエネルギー使用量をまとめて入力し、指定表はエネルギー管理指定工場のみ作成します。特定表と指定表の関係は独立しているので、それぞれの入力チェックが必要です。国としてはアプリ版を推奨しています。