申請の予約（例：賃上げ前に申請書のみを先に提出し、賃上げ後に必要書類を提出するなど）はできますか？

そのような申請の予約は受け付けません。
必要書類がすべてそろった段階で申請してください。
なお、不備がある状態で申請された場合は、不備が解消されなければ審査には進めません。