小規模な事業者に該当する事業所で、従業員Aさんに対して５％以上の賃上げを行った。Aさんの分の申請については、通常の申請（５万円/人）と小規模特例の申請（３万円/人）の両方を行ってよいですか？

ひとりの従業員について、通常の申請（５万円/人）と小規模特例の申請（３万円/人）の両方を行うことはできません。どちらかを選択して申請してください。
なお、小規模な事業者に該当している場合、通常申請・小規模特例申請のどちらでも支給要件（賃上げ率は除く）や提出書類は同じになります。