３学期制の学校で、テストは上下刊のテストを使用しています。テスト設定はどのように設定すればいいですか。

テストの設定で、「学期制」の選択時に「２学期制」を選択して設定してください。
初期値では全単元が１・２学期に振り分けられますので、実施する学期にテスト単元を移動してください。