PPKGoで解析をすると、JPEGのジオタグについては「Exif属性のみ」解析結果に書き替えますが、画像内部にあるXMP属性は書き替えをいたしません。
このためMetashapeで画像処理を行う場合、画像をインポート時にはソフトウェアの仕様としてXMP属性を参照しますので、各画像のPPK解析後の座標を取り込むためには、CSV形式で出力された座標情報をインポートする必要があります。
※次回のバージョンアップで、XMP属性自体を更新する機能を追加実装する予定です。
PPKGoで作成されたCSVのインポートについて
CSVの座標データを取り込む際、以下のスクリーンショットでは座標系がJGD2000となっておりますが、SfMソフトウェアのXY座標は数学モデルを採用しておりますので、東経をY座標・北緯をX座標として列指定する必要があります。
つまり：
東経 3列目
北緯 2列目
高度(Z) 9列目
Hi-Targetからの回答によれば、東経 および 北緯,の精度は、水平方向の精度(RMS) を入力します。つまり、テキストファイルの 5列目（stdH）です。高度の精度部分は、高さ方向の精度（RMS）を入力します。つまり、6列目（stdV）。
東経 3 精度 5
北緯 2 精度 5
高度(Z) 9 精度 6
精度については、Metashape販売店からの情報によれば「特に指定する必要はなし」と聞いておりますが、詳細はMetaShapeをご購入いただいた販売店様にご確認願います。
テキストファイル中の Z（9列目）は標高（ジオイド補正済み）、H（4列目）は楕円体高になります。楕円体高でインポートする場合は、高度(Z)のインポート列は「４」です（ただし、PPKGOの座標設定でジオイド補正を適用していない場合は、Z=Hとなります）。
2021/2/29 追記
上記の問題点につきましてはバージョン1.1.6にて修正をされました。