商店街会費と換金手数料は、どちらの負担が小さいでしょうか？

各商店街により会費が異なり、また、いたばしPayの決済による売上規模によって換金手数料にかかる負担も増減するため、一概にはお答えできません。
なお、各商店街の会費については、該当の商店街に直接お問い合わせ下さい。