【共同利用・児童・職員】マスタ入力時点で在籍している児童・職員、利用者がいる共同利用企業以外は、全て削除しても良いでしょうか。

削除はしないでください。
過年度修正が発生する可能性もあります。
児童・職員・共同利用企業については、重複以外では削除せずに、退園日・退職日・契約終了日を入力してマスタ上にデータを残すようにしてください。