【特定第２表、指定第2表：事業者及び事業所のエネルギーの使用量等】賃貸マンションにおいて、エネルギー使用量の報告対象は共用部分のみでよいのでしょうか？

そうではありません。住居用建物は報告対象外なので、賃貸マンションの場合、住居用の専用部、共用部のいずれもエネルギー使用量は報告する必要はありません。ただし、賃貸マンションに業務用途の不動産会社の事務室等がある場合は、その部分のエネルギー使用量は報告対象になります。