採取した植物は使用不可とありますが、個人等の庭に植えた宿根草の大株を買い戻したり、私物で育成しているコレクション植物の地掘株は使用不可ですか？

元々が国内流通品の市販品であれば基本的に使用は問題ございません。
個人で育成されている地堀株も同様です。しかし、制作費の対象とするには、支払い根拠となる証憑（レシート、領収書など）が必要となります。