大豆鉄のサイトに「ヘム鉄は腸で活性酸素を発生させる」と書いてあったのですが本当ですか？

その説明は誤りです。

腸に到達したヘム鉄は直ちにヘムオキシゲナーゼ（体の中で分解を行う酵素の一種）により分解され、鉄、ビリベルジン、一酸化炭素を生成します。この鉄は同時に誘導されたフェリチンにとりこまれるので、その行程では活性酸素種は発生しません。また、分解により生成したビリベルジン、一酸化炭素は、逆に「抗酸化作用」を有することが示唆されています。