「剣道試合・審判規則（平成24年4月1日）」に次のように記載があります。
[異議の申し立て]
第35条
何人も、審判員の判定に対し、異議の申し立てをすることができない。
第36条
監督は、この規則の実施に関して疑義があるときは、その試合者の試合終了までに、審判主任または審判長に対して、異議を申し立てることができる。
この２つの条文の意味ですが、
例えば、赤と白の選手が同時に面を打ち、赤に２本、白に１本、旗があがって赤が勝利したとします。これを見ていた監督は白のほうが早かったのではないかというような個人的な判断の違いによる異議の申し立てはできません。
但し、赤の選手は何も打たず、白の選手が面を打ったのに赤の選手に「面あり」と判定された場合は、審判員が「錯誤」を起こしている（規則の実施に疑義がある）わけですから監督は異議の申し立てができるということです。
規則の実施に疑義があり異議の申し立てをおこなう手順は、
① 有効打突が宣告されてからその試合が終わるお互いの礼までに、監督が審判主任または審判長に監督旗をあげる等して意思表示をおこなう。
② 審判主任または審判長はすぐに主審に止めの指示を出し試合を中止する
③ 監督は異議の内容を審判主任または審判長に伝える。
④ 審判主任または審判長はその内容を主審に伝える。
⑤ 主審は疑義の内容を合議し、その結果を審判主任または審判長に伝える。
⑥ 審判主任、審判長は、その合議の結果を監督に伝える。
⑦ 主審は合議の結果を意思表示し、試合を再開する。
（取り消し、旗の上げ間違い等々）
以上です。