コンベンション助成金制度を活用して助成を受けている学会が本件を申請すると対象外となりますでしょうか

必ずしも対象外になるわけではありません。
国、都道府県、市町村等により別途、同一の用途に対する補助金・助成金・委託費等が支給されている場合は、対象外となります。