総会は延期できる見込みです。
法務局から株式会社の株主総会について延期を認める見解がでており、NPO法人の総会も問題ないとされています。
※「その状況が解消された後合理的な期間内に定時株主総会を開催すれば足りるものと考えられます。」
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji07_00021.html
また、NPO法28条では、事業年度終了後3か月以内に事業報告書等を所轄庁に提出することが定められていますが、こちらも内閣府より、提出が遅延した場合、2020年9月末までを目安に督促等を行わないことを含めた柔軟な対応を、と所轄庁に依頼されている状況です。
ただし、役員変更登記については現在のところ特例とされていない模様ですので、任期を迎えるNPO法人はオンライン総会などの開催を検討すべき状況です。
詳細については以下出典をご参照ください。
出典：
NPO会計道 ～脇坂税務会計事務所～
https://blog.canpan.info/waki/archive/1195
わかやまNPOセンター/和歌山県NPOサポートセンターからのお知らせ
https://blog.canpan.info/wnc/archive/4909