Twitterの鍵垢と連携して運営しているプランは、会員が退会すると自動的にTwitterとの連携が終了しますか？

いいえ、未払いの方を確認いただき、Twitterのアカウントの承認を停止していただく必要がございます。外部サービスから非公開アカウントの承認停止はTwitter側の機能にないため、現時点ではFANCLOVEで停止することはできません。