特定第2表1-1の「電気事業者からの買電」の「うち非化石」には再エネ電気契約メニューの非化石電気使用量以外に通常契約メニューに含まれる非化石電気も記入するか。 [ID_C-8017]

その通りです。EEGSでは、エネルギー使用量入力の画面で、該当する電気事業者とメニューを選択して買電量等を入力すれば、すべて反映されます。なお、非化石割合の算出方法については下記URLの「書き方サポート」にある「記入要領」P51の㊿をご参照ください。
https://www.enecho.meti.go.jp/category/saving_and_new/saving/enterprise/factory/support-tools/