メーカーへの確認の結果(Zebra TS Case#21464127回答)は、以下となります。
現象を再現致しました。
ただし、その後に他の設定項目（Region、Antenna等）をクリックして、[General]に戻しますと
正しく[HID-Keyboard]が反映されることを確認致しました。
（RFD90自体の設定は[HID-Keyboard]になっていますが、123RFIDはConnectの直後に設定を読み込まなかったと考えております。）
※補足:
現状は上記運用方法で対処する事は可能で、将来のソフトウェアアップデート時に改修予定(SPR-56640)とのことです。
※2025/6/23 Update
123RFIDデスクトップ v3.0.0.36以降は本件の問題が解決されました
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