博士課程に行くと就職がなくなるのでは？

その心配はもちろん理解できますが、情報科学は数ある学問分野の中でも、最も博士号で就職しやすい分野ではないでしょうか。大手企業は最近では従業員に博士号取得を求めていますし、国際的なペンチャー企業は博士号必須か、少なくとも博士号を持っていたとしても悪影響はない企業ばかりだと思います。定年が60から65、将来的には70になるのではないかと言われている現在、定年が伸びた分の半分ぐらい
時間で博士号を取得できますので、博士課程進学は良い選択肢だと思います。