打突の動きにはいり試合終了の笛が鳴ったあとで技が決まった場合の判定は？

有効です。
例えば、踏み込んで竹刀を振り上げている途中で試合終了の笛が鳴り、そのあとで有効打突と判定されるメン打ちが決まったとします。この判定はメン打ちの動作にはいっている途中で笛が鳴ったためメン有りとなり一本となります。