4単位の通年科目を履修している。この科目の中間成績（通年科目の前期成績）は秀だったが、前期2単位、後期2単位で修得単位が加算されるのか。

ご質問のケースでは、後期の成績にて4単位分の修得可否が決まります。
「通年」科目は半期毎ではなく、あくまでも年度末に成績が付与され、単位の修得可否が決まります。このため、前期時点の中間成績が秀、優、良、可のいずれかであったとしても、年度末時点の最終成績が不可か／であった場合には、1単位分も修得することは出来ません。