用紙印刷はiOSのAirPrintという機能で実現していますが、用紙サイズを選択する機能がAppleから提供されておらず、プリンタ自体のメインの用紙サイズに固定されてしまいます。
例としてA5で印刷されたい場合、ご利用プリンタのメイン用紙トレイをA5に設定していただければ、A5サイズでの出力が可能です。
レセプト用紙印刷時はA4サイズですので、その際には紙とプリンタ用紙設定を切り替えする、またはレセプト用紙印刷専用のプリンタを追加でご購入いただき、印刷するプリンタの指定を切り替えるなど、対応が必要になります。