当ツールで出力するデータは、画像変換の時点で全てビットマップ画像として出力されており、フォント情報を持ちません。
（文字の形の絵が描かれたデータ、とお考えください）
そのため、フォントを埋め込むという選択肢もありません。
一般的な文章制作ソフトで出力したPDFデータの場合、テキスト部分に「ここの文字列はこのフォントで表示します」というスタイル指定がされています。
そのフォントを持たない機器でPDFを開いた場合、フォントが見つからず、正しく表示されません。
フォントの埋め込みとは、そうした問題を避けるために、PDFファイル内で使用するフォントのデータ一式を同梱する処理となります。
PDF文書のプロパティを開いた場合、テキストデータを持つファイルは「フォント」タブに「この文書で使用しているフォント」が表示されます。このフォント名の横に「埋め込みサブセット」と表示がある場合、フォントが埋め込まれ、どの環境でも同じフォントで表示ができる状態です。
当ツール出力データの場合は、「テキスト」の形でデータを持たないため、フォントを埋め込む／埋め込まないという選択肢自体が存在しません。文書のプロパティのフォントタブには情報が記載されません。
フォントの埋め込みは文章データPDFの受け渡し・印刷時の重要なチェック項目ですが、当サイト出力データに関しては文章データPDFではなく、「セリフしか描かれていない漫画データ」のようなものとして扱ってください。