ナースコースの訪問看護指示書は、基本的にはどこに書いてもらうのでしょうか？

基本的には、退院後に患者様を診る「訪問診療の医師」に依頼します。

訪問看護は継続的な在宅ケアのため、患者様の日々の状態を把握しているかかりつけ医（訪問診療医）からの指示に基づいて実施するのが原則です。