AIモード「不干渉」は既に受信したメッセージにも適用されますか？

されません。
AIの各モードは、そのモードに設定されている間に送信されたメッセージに対してのみ適用されます。
そのため、AIモード「不干渉」に設定しても、過去に送られたものの届かなかったメッセージが表示されることはありません。