システムへの直接入力について解説されたが、フォーマットダウンロードやファイルアップロードがあるようなので、使用方法を知りたい。 また、システム直接入力と比較した場合のメリットも知りたい。

事業所情報のCSV形式ファイルや、報告内容のXML形式ファイルがアップロードできます。詳しくは下記URLのEEGSのマニュアルを参照してください。
https://eegs.env.go.jp/eegs-portal/manual
これらを利用すると、一括してインポートができるので入力時間の短縮等に繋がる等のメリットがあります。