一括ダウンロードできるのは、ダウンロードを要請した時点（ボタン押下時点）のデータとなりますか？

ボタン押下時点ではなく、データ作成開始時の最新データを元にエクスポートされるファイルが生成されます。データ作成はその週にご要望いただいた組織を対象として、毎週土曜0時から順次行われます。