一括登録用のエクセルフォーマットを使用して、バックグラウンド管理＞アカウント管理>ユーザーをまとめて登録する際、「グループ」を特定の「コース」に紐づけることはできますか？

バックグランド管理のユーザー登録では、グループとコースの紐付けはできません。
「どのコース」を「誰」に見せるかは、コースの「シェア」で設定可能です。
グループを登録した後、該当コースのシェア設定でグループを指定していただきます。