プリントした際に一緒に印刷された証明書、臨時株主総会議事録、取締役決定書もホチキス留め、割印をした登記簿に同封するのでしょうか？

合綴するのは、申請書＋印紙台紙＋登記すべき事項の３枚は必須です。
株主総会議事録が複数枚になっている場合は、合綴して契印が必要です。
他の通常書類は添付するだけで、合綴と契印は不要です。
※ ページが複数になる場合は、合綴と契印が必要になります。