管轄外からの移転登記です。登録免許税の6万円ですが、最寄り銀行から現金で納付できるのでしょうか。

税法上は、原則が現金納付と記載されていますが、実務上は、収入印紙を申請書に貼り付ける方法により納付することがほとんどです。
本店移転管轄外は、３万円の印紙を２箇所（旧管轄・新管轄）の法務局に納付しますので、３万円分を２法務局分に分けてご用意ください。