非正規雇用の従業員が正規雇用になったことで、賃金が上がった場合、対象となりますか？

単に正社員化となることにより賃金が上がる場合には、事業所内の賃上げが行われたとみなされないため、対象になりません。
ただし、正社員となった従業員について、事業所内の賃上げが行われる前の正社員としての賃金額と比較して、5%以上、賃金が上がっていれば対象になります。