パス申し込み済みですが、STAYNAVIから「申し込みがありません」とメールがきました。

以下が考えられます。

１，STAYNAVIの登録番号が複数発行されている場合
すでにパス申し込みに使用した登録番号のほかに、利用しない登録番号が残っている場合があります。マイページから不要な登録番号をキャンセルしてください。

２，NEXCOのサイトで、STAYNAVIセットプランとは異なる周遊パスを申込んでいる場合
STAYNAVIの周遊パスではなく、別のパスをお申込みになっている可能性があります。NEXCOの申込み済のパスをご確認ください。