Stripe（ストライプ）アカウント画面から決済された手数料を調べたら、3.6%とは別に税が引かれていたのですが、これは何の費用ですか？

こちらはインボイス導入によるStripe社の仕様によるもので、一部のカードブランド（JCB、アメリカン・エキスプレス、ディスカバー、ダイナースクラブ）と決済手段（銀行振込など）のStripe決済手数料に対して、10％の消費税が徴収されます。

一方、VisaとMastercardのStripe決済手数料は非課税対象となります。
https://support.stripe.com/questions/taxes-on-stripe-fees-for-businesses-in-japan?locale=ja-JP

例：10000円のコースにJCBのクレジットカード決済があった場合、Stripe手数料360円の徴収に加え、360円に対する10％の36円が消費税として徴収されます。