充電するタイミングは、バッテリー残量が0％になってからがいいですか？それとも使った分だけ注ぎ足した方がいいですか？

どちらでも大差はありません。

PowerArQのポータブル電源には、BMS（バッテリーマネジメントシステム）が搭載されているので、どちらの充電方法でもバッテリーが著しく劣化する事はありません。