スタートアップとの共同研究について、特別試験研究費の税額控除を活用するに当たっては、スタートアップから経済産業大臣に申請し、国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令の規定に基づく経済産業大臣の証明を受ける必要があります。
経済産業省ホームページ（令和５年４月１日以降の特別試験研究費税額控除制度におけるスタートアップとの共同研究等に係る手続きについて）
https://www.meti.go.jp/policy/tech_promotion/tax/oi_su_shinsei.html