EPUB内の表紙は必須のため、削除することはできません。
Kindleで販売する場合は、EPUB内表紙とは別に「商品用画像」を登録できます。
※同一画像を使うとKindleで表紙が連続して表示されます。連続表示を避けたい場合は、EPUB内表紙を扉絵にしたり、「商品用画像」を帯付きなどにして差別化する作品もございます。
▼参考リンク
・「商品用画像」が表示されているページ
https://www.amazon.co.jp/dp/B095NTWH43/
・「EPUBをKDP（Kindleストア）に登録して見ると表紙が2回表示されますが、解決方法はありますか」
https://tayori.com/q/romancer-faq/detail/746015/