「変換情報」で「目次ページ：自動生成する」にチェックを入れるを推奨します。Word内の見出しスタイルに基づいて目次を挿入します。
Wordの目次機能を設定している場合は、自動的に置き換わるため、二重になることはありません。
※チェックを外した場合は、
Word内に目次機能で作成した目次や目次としてハイパーリンクを設定した部分がそのまま表示されます。
Wordデータ内に目次にあたる部分がなければ、目次は作られません。