MS Word文書で、縦書き時に下寄せ（横書き時の右寄せ／地付き）を設定した場合、Romancer変換後に折り返しが発生するのは仕様ですか

はい、仕様です。
Romancerで作成される電子書籍はリフロー型のため、閲覧する端末の画面サイズ、文字サイズ、フォント設定などに応じて本文が自動的に再配置されます。
そのため、Word原稿で下寄せ（地付き）を設定していても、画面幅に収まらない場合は、下寄せの状態を保ったまま自動的に折り返して表示されます。
表示結果は、閲覧環境によって異なる場合があります。