異なります。
「4桁の数字の暗証番号」は、利用者証明用電子証明書の暗証番号と呼ばれるもので、「ログインした人が本人かどうか」を確認するための番号です。
（主な利用場面）
・マイナポータルへのログイン
・コンビニで住民票の写しなどを取得する際
・医療機関での資格確認 など
（特徴）
・数字4桁のみ
・短く覚えやすい
・一定回数（3回）間違えるとロック
一方で、「英数字6～16文字のパスワード」は、署名用電子証明書のパスワードと呼ばれるもので、「この操作・申請・同意は、確かに本人が行った」ということを証明するためのパスワードです。電子的な「実印」に近い役割を持ちます。
（主な利用場面）
・e‑Tax（確定申告）
・行政・金融・決済などでのオンライン申請や本人同意
・せたがやPay 世田谷区民認証 など