例えば利用料900円だった場合で1000円クーポンをお客様が利用する場合、100円損する、クーポンの残りの100円分は消滅する形になりますか？

この場合、お客さまは　50円のお支払い　となります。

つまり、1000円のクーポンのうち
　850円分　クーポン適用
　150円分　クーポン消滅
となります。

クレジットカード・PayPay決済の最低の決済料金が50円となっているためです。

なので、利用料よりもクーポン割引の金額が大きい場合は、
お客様のお支払いは　一律　50円　になるように、クーポンが適用されます。

→ 0円になるとか、マイナスになることはありません。