ブランク無く新たな証明書に移行することにつきましては、技術的には十分に可能でございます。
一例）
・UNIXのコマンドラインからオペレーショ ンする場合、現在のcertとは別のディレクトリでCSRを生成するなどして上書きされないようにして頂ければ大丈夫です。
・コマンドラインでなく、コントロールインターフェースから行う場合、例えばディレクトリが固定されてしまっているようであれば、現在のディレクトリ にある「CSR・プライベートキー・証明書ファイル」を他のディレクトリ或いは別メディアにバックアップして頂き、CSRを生成した後にまた書き戻して頂 ければ問題ありません。その際、新規に生成されたCSRとプライベートキーファイルを保管して頂くよう、お願い致します。
ホスティングサービスやマイクロソフトのウェブサーバのような、コントロールインターフェースを使用する場合、UNIXのコマンドラインほど操作の融通が利かない場合がありますので、あえてご注意申し上げています。
一連の作業につきまして、既にSSLサーバ（https）が起動しているのであれば、動作中にファイルを移動しても問題ありません。起動時に必要なファイルがペア（プライベートキーと証明書）で読み込めればＯＫです。
要するに、CSR生成時に現在運用中のキーペアファイルが失われないように工夫して頂ければ、特に問題ございませんので、その点だけご注意頂きますよう、お願い致します。
※新規に生成したCSRとペアのプライベートキーファイルについても同様です。
弊社から新たな証明書が届きましたら、既に有効期限が開始された状態で発行されますので、届き次第切替えて頂いても問題ございません。