代行でSSL（サーバー証明）を申請することはできますか？

はい、問題ありません。
21-domain.comではドメイン、サーバーサービスなどをご利用頂く際、代行でお手続き頂くことに制限はございません。
お持ちのハンドルをご利用いただき手続きを進めて下さい。
なお更新の御案内もお手続きを行われたハンドル登録メールアドレス宛にお送りします。