一台のウェブサーバーで複数のウェブサイトにサーバ証明書を発行する際、それぞれのウェブサイトにIPアドレスが必要となります。
IPアドレス割当ての無いバーチャルなドメインに対しては、個別のSSLサーバ証明書はご利用頂けません。
IPアドレスが割当てられているドメインのコモンネーム（サーバ名）だけになります。（つまり、IPアドレス1つに対して1つのSSLサーバ証明書が利用可能でございます）
これは、ウェブサーバの構造的な仕様によるもので、ホスティング業者様によるサービスや、SSLサーバ証明書ベンダを問わず、この制約はございます。
ただIPアドレスが一つしか無い場合でも、デフォルトではないポート番号を利用すればドメイン毎にSSLの設定は可能ですが、サーバにアクセスするユーザ 側の環境によっては問題が発生する場合もありますので、広く一般に公開するような用途のウェブサーバの場合にはお勧め出来ません。
設定方法に関してはサーバにより異なりますので、サーバベンダ・ホスティング業者様へお問せください。