同一のサーバ名に対して複数のサーバ証明書が必要なのですが。

必要台数分のサーバー証明書をお申込頂くことになります。
DNSのラウンドロビンやキャッシュサーバのように外部から見えるサーバ名が一つであって、なおかつ実際にそのサーバ名へのアクセスに対してサービスを行う物理的なサーバが複数台あり、さらにそれらが同時に稼動している、といった場合、同じコモンネームで、CSRを生成する時に、Organization Unit(OU:部門名)を変えることによって、台数分の電子証明書をご申請いただくことが可能となります。