FTP over SSLは以下のような利用方法があります。
・WEBサイトの更新作業でテストサイトにアップするリリースしていないデータを保護。
・社内情報をFTP経由でやり取りしている際に社内の機密情報が漏洩防止。
・WEBサーバ同様、FTPサーバにも証明書を導入するだけで、FTPサーバとPC間を暗号化することでFTPサーバとデータをアップロード・ダウンロードするパソコンの間もSSL暗号化通信になり安心です。