公式LINEのショップカード導入考えていまして、まだ調べ切れてなくて分かってないのですが。。きずなシステムで決済→ショップカードにポイント反映の流れって作れますか？

きずなシステムとショップカードは直接連携してません。
きずなシステムは予約受付・決済のシステムです。

ショップカードはスペース内に掲示したQRコードをお客さんがLINEでスキャンした時にポイント加算となります。
→実際に来店して、初めてポイント反映になります。

ショップカードはLINEアカウントの基本機能を使います。こちらが参考になるかと思いますので、まずは一読いただけると幸いです。
https://ad-tec.jp/blog/LINE/20201020-34/