胃液の分泌が過剰になっている事が原因です。
普段から
・早食い、ムラ食いをしている
・血糖値が上がりやすい物を多く食べている
と、血糖値の乱高下（血糖値スパイク）が起こり、胃液・腸液の分泌がうまくいかないため、血糖値を下げる食事に変えると胃液が出過ぎてムカムカしてしまいます。
これはbeettoを続けていく中で調整されていきますので、今は辛いかもしれませんが頑張りどきです。
辛い方は、白湯を飲んで胃液を薄めると多少和らぎます。