フリープランにおいて受信箱からではなくメールから返信した場合も10件にカウントされますか？

カウントされます。
11件を超えている場合、実際にお客様（エンドユーザー）に送信はされません。
※受信箱からではなく、メール返信した場合、エラーメッセージは表示されませんのでご注意ください。

月に11件以上の返信をご希望される場合は、有料プランへのご変更をぜひご検討ください。